Trong quá trình hoạt động, ông đã được nhận các chức vụ và huân huy chương từ Giáo hội Thiên Chúa Vatican, thực dân Pháp và triều đình nhà Nguyễn:

• Nhận huy chương Dũng sĩ cứu thế của Tòa thánh Ki-tô giáo La Mã ngày 1 tháng 10 năm 1863.
• Năm 1871, được cử làm hội viên Hội Nhân Văn và Khoa học vùng Tây Nam nước Pháp, Hội nhân chủng học, Hội Giáo dục Á châu.
• Năm 1874, được phong Giáo sư ngôn ngữ Á Đông, vì Pétrus Ký đã thông hiểu 27 sinh ngữ trên thế giới.
• Nhận huy chương Isabelle la Catholique của Tây Ban Nha ngày 27 tháng 6 năm 1886.
• Trở thành hội viên Hội chuyên khảo về Văn hóa Á Châu ngày 15 tháng 2 năm 1876.
• Trở thành hội viên Hội chuyên học địa dư ở Paris ngày 7 tháng 7 năm 1878.
• Nhận khuê bài Hàn Lâm Viện đệ nhị đẳng bội tinh (Palmes d'Académie) của Hàn Lâm viện Pháp ngày 17 tháng 5 năm 1883.
• Nhận Tứ đẳng Long tinh, Ngọc khánh, Long khánh của Nam triều ngày 17 tháng 5 năm 1886.
• Nhận Bắc Đẩu Bội Tinh đệ ngũ đẳng của Pháp ngày 4 tháng 8 năm 1886 [22]
• Nhận Hàn Lâm Viện đệ nhất đẳng của Pháp ngày 3 tháng 6 năm 1887.
• Nhận Hàn Lâm Viện đệ nhất đẳng của Hoàng gia Cam Bốt.
• Vua Đồng Khánh ban cho ông chức Hàn Lâm viện Thị giảng học sĩ.
• Vua Khải Định ban hàm Lễ Bộ Tham Tri.
• Vua Bảo Đại truy tặng hàm Lễ Bộ Thượng thư.